이번에는 Bioinformatician들이 통계를 R로 쉽게 배울 수 있는 책에 대해 공유하고자 한다.
bioinformatics는 통계, 컴퓨팅, 생물학이 모두 합쳐져 있는 학문이라서 사용하는 program들이 통계를 기반으로 한 경우가 많다. 또한 데이터에서 의미가 있는 결과를 도출하기 위해서는 가벼운 통계 지식이 있으면 연구에 더욱 수월하다.
그렇지만 통계는 조금 접근하기가 쉽지가 않다. R이라는 프로그램에 익숙해져야 할 뿐만 아니라 통계학 지식도 알아야 하기 때문에 너무나도 먼 산처럼 느껴진다. 그리고 너무 책이 두껍다...
하지만 이 책은 굉장히 짧고 (1st edition은 400page지만 책 크기가 작다) 코드가 대부분이라서 쉽게 진도가 나가고 이해도 하기 좋다. 또한 나도 통계 문외한이였는데 이 책을 공부하고 난 후로는 통계가 재밌어져서 더욱 깊이 공부했다. 나랑은 다르게 실용적인 측면만 배우고자 했던 다른 동료들도 모두 만족했던 교재이기에 이를 강력 추천한다.
한글로 교재 제목을 번역해보면 통계적 학습법에 대한 개론이 된다.
1. 어려워보이는 이름과는 다르게 regression(linear regression 포함), clustering (여러가지 clustering 혹은 principal component analysis)등을 포함한다.
이 둘은 bioinformatics에서는 굉장히 자주 등장하는 것들이다. 예를 들어 qPCR에서 standard curve를 그릴 때 농도별 signal과 농도에 따른 linear regression 이 있고, single cell RNA sequencing에서의 PCA (principal component analysis)도 있다. 이 외에도 support vector machine 이나 요즘 핫한 deep learning에 대한 내용도 포함이 되어있다.
2. 책을 보면 with applications in R이 있다.
책의 페이지가 많지만 대부분이 code로 되어있고 궁금한 부분들부터 코드로 돌리기 시작하면 다른 부분은 사실 안 읽어도 된다. 모르는게 생기면 다시 읽으면 되기 때문이다. R에 대해 잘 몰라도 코드들이 있고 코드를 돌리면서 배우기 시작하면 쉽게 배울 수 있을 것이다.
3. 책이 큰 대단원으로 나누어져있어 원하는 부분만 읽을 수도 있다.
모든 부분들을 읽을 필요는 없다. 내가 원하는 것만 찾아서 읽기 좋게 되어있다.
4. PDF 버젼이 인터넷에 공유되어 있다.
나는 종이책을 좋아해서 사서 읽었지만, 이 책은 인터넷으로도 공유가 되어있다. 태블릿을 잘 쓰시는 분이라면 여기서 다운 받아서 읽으면 될 것이다.
An Introduction to Statistical Learning
Winner of the 2014 Eric Ziegel award from Technometrics. As the scale and scope of data collection continue to increase across virtually all fields, statistical learning has become a critical toolkit for anyone who wishes to understand data. An Introductio
www.statlearning.com
책을 구매하고자 하면 아래를 통해 하면 된다.
이 책을 읽고나면 스스로 통계 프로그램을 만들 수도 있어서 통계를 이용해서 내린 결론에 대한 확실성은 높아지고 뿌듯함도 생기게 된다. 그리고 통계에 대한 깊은 이해보다는 쉬운 예제부터 시작하면서 통계에 대한 흥미를 높이기에는 좋다. 더 이론적인 부분은 다른 책을 소개하도록 하겠다. 이 책을 접하는 다른 사람들도 도움이 되기를 바라면서 이 글을 마친다.
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