[맥 유저를 위한 기본 리눅스] #1 terminal

오늘은 본업과 관련이 되어 있는 것을 조금 설명해보고자 한다.

Bioinformatics는 기본적으로 컴퓨팅을 할 수 있어야 데이터를 어느정도 가공할 수 있다. (raw data는 가공을 해야하고 processed data를 다루기 위해서는 R이나 python만 있어도 충분하다.) 그런데 bioinformatics에서 사용되는 tool 들은 대부분 바탕이 검은 linux를 기반으로 돌아간다. 나는 연구실에 들어온 지 시간이 충분히 지나서 리눅스에 익숙해졌지만 (잘한다는 뜻은 결코 아니다) 처음 이를 접하는 분들은 어려운 것들이 매우 많을 것이다. 왜냐하면 graphic user interface(GUI)가 잘 발달되어 있는 요즘 컴퓨터와는 달리 키보드로 대부분 일들을 처리해야하기 때문이다. 

 

그리고 맥을 사면 좋다는 말을 많이들 하고 맥을 사는 경우가 많다. 나는 맥 유저인데 주변에는 맥을 사용하는 사람이 없어서 당혹스러웠던 경우도 있어서 맥 유저들이 내 글을 보고 도움이 되었으면 한다. 

 

맥에서 시작하는 가장 쉬운 방법은 terminal (터미널) 앱을 열면된다. 윙크하는 것처럼 생긴 어플이다. 

이를 열면 아래와 같이 깜빡이는 커서와 명령을 입력한다는 것을 가리키는 $ or >가 옆에 뜬다. 이는 입력을 받는 곳이라고 생각하면 편하다. 

여기까지만 해도 많이 한거다. 일단은 이런게 맥에 존재한다는 사실이 놀라울 따름이고 신기할 것이다. 

터미널에서는 엔터를 치면 한 명령어가 그냥 실행된다. 그래서 Rstudio에서 여러줄을 돌리는 것을 어떻게 해야 할지는 다음에 또 알려주도록 하겠다. 

 

여기서 몇가지 장난 해 볼 수 있을 만한 것들이 있어서 알려주겠다. (연습용) 

1. ls -> 현재 내가 위치한 곳에서 어떤 파일들이 있는지를 보여준다. (ls -a는 숨김 파일들도 나오는데 가끔 캐시 파일들이라고 하는 것들이 여기에 저장되고는 한다. 그런데 ls -a 는 쓸 일이 별로 없다.) 

2. pwd -> 내가 있는 현재 위치의 full path를 알려주는 것이다. 내가 어디있는지 모르면 답답하고 무서울 수도 있으니 이것으로 가끔 해결을 해도 되고, prompt라는 것을 이용해서 내가 어디에 있는지 알려주는 방법도 있다. 이는 나중에 다루겠다. 

3. cd (change directory) -> 다른 폴더로 접근하고 싶을 때 쓰는 것이다. 폴더로만 움직일 수 있으며 내가 원하는 폴더가 있다면 cd를 적고 tab을 누르면 움직일 수있는 폴더들이 밑에 나온다. 원하는 곳으로 가면 된다. 

4. echo 111 -> python이나 R로 치면 print랑 동일한 함수다. echo 뒤에 적은 것들이 튀어나온다.

5. vi test.txt -> test.txt라는 파일이 있다면 수정을 하고, 없다면 test.txt라는 것을 만들어서 적을 수 있는 것이다. (일종의 메모장이고 확장자는 내맘대로 적어도 된다). vi를 하고 열렸다면 i를 눌러 insert mode로 바꾸고 입력을 한 다음 control + C를 눌러 insert mode에서 나온 후 :wq를 누르면 내가 입력한게 저장이 된다. -> 그런데 굳이 이걸 쓸 필요는 없다. Sublime이나 atom과 같은 text editor가 많다. 

 

* iterm과 같은 어플을 써도 된다. 이는 따로 다운 받으면 된다. 나는 설정을 내 마음대로 할 수 있어서 좋아서 iTerm을 쓰는데 terminal이 불편하지 않다면 이것을 계속 써도 된다. 

 

벌써 여기까지 했다면 많은 일들을 해낸 것이다. 스스로에게 칭찬을 해주고 다시 화려한 GUI가 있는 컴퓨터로 작업을 하시길 바란다. 컴퓨터는 금방 적응되니 오늘은 두려움만 없앴어도 충분하다.